PEFC sertimist teostavad selleks vastava akrediteeringu saanud audiitorettevõtted.

Audiitor täpsustab koos metsaomaniku ja ettevõttega vajaduse serdile. Ta küsib lähteandmed ning seejärel loob ettevõttele personaalse auditeerimise pakkumise koos sertifikaadi maksumusega. Audiitor selgitab sertimise käiku ning võimalikku ajakava. Ühtlasi selgitatakse PEFC standardiga kaasnevaid nõudeid. Auditi lõppemisel väljastab audiitor PEFC sertifikaadi, mille PEFC-Eesti kannab rahvusvahelisse  andmebaasi.

PEFC sertifitseerimise läbiviijad Eestis